\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{alexmanual} %定义格式文件

\title{LAMMPS修炼入门}
\author{王茂茂}
\begin{document}
\maketitle
\abstract{
此文档是针对lammps用户(非HPC管理员)的入门手册.
编排按照最快上手、减少折腾的原则展开, 以虚拟机上的部署和使用为主线,以期新用户达到快速入门的效果.
此文档已经存在云端,由张成、杨晟泽等共同维护. 内容发布在 \url{https://gitee.com/alexwang0296/lammps_get_started}}
\tableofcontents
\newpage
\section{基本环境的配置}
\subsection{虚拟机安装}
参见 \url{https://blog.csdn.net/zcooa/article/details/80615743}
\subsection{操作系统的安装}
同上
\subsection{虚拟机的导入}
参见 \url{https://jingyan.baidu.com/article/870c6fc3551e21b03fe4be14.html}
\subsubsection{一个已经配置好的虚拟环境}
一个基于Ubuntu的lammps环境已经配置好,打包为.ova格式,存在 \textbf{魏鹏} 的U盘里.
\begin{itemize}
\item 用户名： lmpuser
\item 密码：lmp
\item root用户未设定
\end{itemize}
\subsection{虚拟环境的使用}
\subsubsection{虚拟环境的备份}
\begin{figure}[!htpb]
	\centering
	\includegraphics[width=0.75\linewidth]{vbox-save}
	\caption{在VirtualBox中进行虚拟环境备份操作}
	\label{fig:vbox-save}
\end{figure}

VirtualBox 具有备份状态的功能，推荐在进行\textbf{不可预料结果的操作}前备份当前状态，可以减少重装系统等繁琐过程，备份菜单如 \textbf{图\ref{fig:vbox-save}}. 

需要注意：
\begin{itemize}
	\item 推荐关机后备份
	\item 修改环境变量，编程语言环境 等操作前推荐备份
	\item 添加具体系统更改信息，方便排查错误
\end{itemize}


\section{本地机器上lammps的安装}
lammps 有多种安装方式
\begin{itemize}
	\item 预编译包自动安装
	\item 预编译包手动安装
	\item 源代码编译安装
\end{itemize}
详见 \url{https://lammps.sandia.gov/doc/Install.html}
\subsection{lammps的预编译包手动安装}
\subsubsection{下载lammps}
\begin{lstlisting}
# 下载lammps稳定版本
 wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz
\end{lstlisting}
 \subsubsection{解压lammps}
\begin{lstlisting}
# 使用tar解压压缩包,使用Table键盘补齐压缩包名称
tar -xvf lammps-<Table>
\end{lstlisting}

\subsubsection{更新系统}
\begin{lstlisting}
sudo apt update
sudo apt upgrade
\end{lstlisting}

\subsubsection{安装依赖的软件包}
\begin{lstlisting}
# 如果有报错,逐个安装,排查问题
sudo apt install -y \
build-essential \
ccache gfortran \
openmpi-bin \
libopenmpi-dev \
libfftw3-dev libjpeg-dev \
python-dev \
python-virtualenv \
libblas-dev \
liblapack-dev \
libhdf5-serial-dev \
hdf5-tools
\end{lstlisting}
\subsubsection{进入../src文件夹进行编译}
\begin{lstlisting}
cd lammps-<Tab自动补全>/src
make mpi -j4
\end{lstlisting}
完成后应当看到\lstinline|src|文件夹下生成了名为 \lstinline|lmp_mpi|的可执行文件,这个就是lammps的主程序.
\subsubsection{添加路径}
为了在系统的任意位置进行计算,需要把包含\lstinline|lmp_mpi| 的\lstinline|src|文件夹的绝对路径添加到用户环境变量\lstinline|~/.bashrc|
里.
\begin{lstlisting}
# 暂时添加
export PATH=/home/richard/lammps/src:$PATH
# 永久添加: 修改 ~/.bashrc 文件,加如上述代码
\end{lstlisting}
 \subsubsection{运行测试文件}
 \begin{lstlisting}
 	cd ~/lammps-<Table自动补全>/examples/melt/
 	mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.melt
 \end{lstlisting}
 \subsection{lammps的预编译包自动安装}
 
 \
 
 \subsection{lammps的源代码编译安装}
 
 \
 \subsection{Voronoi 函数的编译}
 \subsubsection{下载Voironoi++}
下载地址 \url{ http://math.lbl.gov/voro++/download}
 \subsubsection{编译Voronoi++}
 \begin{lstlisting}
 	make -j4 
 \end{lstlisting}
 \subsubsection{lammps中启用新编译函数}
  \begin{lstlisting}
 	make  yes-voronoi
 \end{lstlisting}
 \subsubsection{编译lammps}
   \begin{lstlisting}
	make mpi -j4
 \end{lstlisting}
 \subsection{Peri 函数的编译}
   \begin{lstlisting}
	make yes-peri
	make mpi -j4 
 \end{lstlisting}

\section{Linux系统软件环境介绍}
\subsection{ 开源社区}
下载常用软件、系统的网站
\begin{enumerate}
\item  \url{https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ } 清华大学学生团体维护
\end{enumerate}


\subsection{稳定可用的软件版本}
\subsubsection{操作系统} 
\begin{itemize}
	\item Deepin： 中文环境支持好，适合日常用
	\item  Ubuntu 16.04 和 Ubuntu18.04： 长期支持版本，系统bug解决方案完善
	\item  Manjaro xfce版：快速，灵活，美观
	\item  CentOS： 适合作为服务器系统
\end{itemize}

\subsubsection{语言编译环境}
\begin{enumerate}
\item Python 2.7.X 和 3.7.X
\item GCC
\item Cmake
\end{enumerate}


\subsubsection{业务软件}
\begin{enumerate}
\item  lammps 最新稳定版　
\end{enumerate}
\section{计算服务器的使用方法}

\

\subsection{语言环境}

\

\subsection{授权管理}

\

\subsection{应用软件}

\

\subsection{文件目录管理}

\

\section{甘肃计算中心集群的使用方法}

\

\subsection{语言环境}

\

\subsection{应用软件}

\

\subsection{文件目录管理}

\

\end{document}